Bei Störungen des Bewegungssystems (v. a. in der Chirurgie und Orthopädie) ist das zentrale Anliegen die Behandlung nach Verletzungen und/oder Funktionsstörungen. Die Maßnahmen betreffen das Erfolgsorgan (sog. Effektoren). Man muss unterscheiden, ob die Störung akut, subakut oder chronisch ist. In der Gynäkologie geht es um vorbereitende Geburtshilfe und anschließende Wochenbett-Behandlungen.

Funktionsstörungen der inneren Organe z. B. in der Inneren Medizin betreffen häufig chronische und letale Erkrankungen. Physiotherapie beeinflusst über das Bewegungssystem auch die so genannten „Zivilisationskrankheiten“ wie etwa Arteriosklerose, Herzinfarkt, Herzinsuffizienz, Asthma, Bronchitis und Diabetes mellitus.

Störungen der Bewegungsentwicklung und Bewegungssteuerung finden sich vor allem in der Neurologie und Psychiatrie sowie in der Pädiatrie. Zentrales Anliegen von Physiotherapie ist es, die sensomotorische Entwicklung zu fördern. Die Behandlungen betreffen das zentrale und periphere Nervensystem. Meist kommt es zu bleibenden Schäden und/oder die Krankheiten sind fortschreitend.

Störungen im Bereich Erleben und Verhalten sind in jedem medizinischen Bereich zu finden. Vor allem das Verbessern der Wahrnehmungs- und Entspannungsfähigkeit stehen bei den physiotherapeutischen Behandlungen im Vordergrund. Der Therapeut benötigt zudem ein Verständnis für die Entstehung von spontan-affektiven Störungen.